1. 产品组分
组分
Super Fusion Cloning Mix (2×)
pUC19 Control Plasmid, linearized (Ampr,40ng/μL)
500 bp Control Fragment (20 ng/μL)
注: -20℃保存,两年有效。微量体积试剂请在正式实验开始前进行瞬时离心操作。
2. 产品介绍
基于重组原理的无缝克隆技术,作为新一代的克隆方法,不依赖繁琐的酶切、同源序列的重组,可将插入片段克隆 至任意线性载体的任意位点连接步骤,也不需要末端补平等操作,依据 DNA 片段 与线性化载体末端的 15~25 nt,载体自连背景极低,是一种简单、快速、高效的 DNA 定向克隆技术以上。一次反应可完成单至多个重组,最快仅需 5 分钟即可完成单片段重组,且阳性率高于 95%。Mix 中添加的辅助因子,有效提高克隆 阳性率;经优化的反应体系,能够一定程度上耐受未纯化 PCR 产物 中含有的杂质。
3. 使用方法
一. 制备线性化克隆载体
选择合适的克隆位点,对载体进行线性化,线性化载体可以通过酶切或者反向 PCR 扩增完成。
(1) 酶切制备
双酶切:线性化完全,转化背景(假阳性克隆)低;
单酶切:线性化程度差,可通过适当延长酶切时间来减少环状质粒的残留。
注 1:双酶切无需去磷酸化,单酶切需要去磷酸化;
注 2:酶切完成后,应将快速内切酶失活或对目的产物纯化后再用于重组反应。
(2)反向 PCR 扩增制备
载体质粒 DNA 为模板,克隆位点为分界点,设计一对反向引物,推荐使用高保真 PCR Mix 进行扩增。
二. 设计插入 PCR 引物片段
PCR 引物的 5’端必须包含与其相邻片段(插入片段或载体)末端同源的 15~25 nt(推荐 18 nt)序列。假如载体为粘性末端,且 3’端突出,则引物设计必须包含突出部分;若 5’端突出,则引物设计可以包含突出部分,也可以不包含。
插入片段正向扩增引物:
5’—上游载体末端同源序列+酶切位点(可选)+基因特异性正向扩增序列—3’
插入片段反向扩增引物:
3’—基因特异性反向扩增序列+酶切位点(可选)+下游载体末端同源序列—5’
注:尽量选择无重复序列且 GC 含量均匀的区域进行克隆,当载体克隆位点上下游 25 nt 区域内 GC 含量为
40~60%时,重组效率最高
三. 插入片段的 PCR 扩增
推荐使用高保真 PCR Mix 进行扩增,以减少扩增突变的引入。建 议使用纯化后的 PCR 产物进行无缝克隆反应,若 PCR 产物经琼脂糖 凝胶电泳鉴定为特异性扩增产物,可直接使用,但加样体积不应超过 总反应体积的 20%。
四. 无缝克隆反应
1. 冰水浴中配制以下反应体系:
a. 适载体用量(ng)= 0.02×载体碱基对数,即 0.03 pmol。
b. 插入单片段时,最适片段用量(ng)=0.04×片段碱基对数;插入多片段时,每片段最适用量 (ng)= 0.02×片段碱基对数。
注 1:如果插入的单片段长度大于载体,那么应互换载体与插入片段用量;
注 2:如果插入的片段长度小于 200 bp,那么要使用 5 倍载体的用量;
注 3:如果按上述公式计算得到的用量低于最低/高于最高值,那么建 议直接按最低/最高用量 使用
注 4:载体或插入片段过长,片段数量过多,均会降低阳性率。
重组反应体系配制完成后,轻轻吹吸数次混匀各组分,避免产生气泡即可,切勿涡旋。
2. 将反应体系置于 50℃,反应 5-60 min。
注 1:推荐使用温控比较精准的仪器进行反应,如 PCR 仪,反应时间不足或过长都会降 低克隆效率;
注 2:插入 1~2 个片段时,推荐反应时间为 5~15 min;插入 3~5 个片段时,推荐反 应 时间为 15~30 min;
注 3:当载体骨架在 10 kb 以上或插入片段在 4 kb 以上时,建议延长反应时间到 30~60 min;
注 4:50℃反应完成后,建议进行瞬时离心,将反应液收集至管底。
3. 将反应液离心管置于冰水浴中冷却,直接进行转化或储存于-20℃。
注:-20℃储存的重组产物,建议在 1 周内使用。
五. 克隆产物转化
在 100 μL 感受态细胞中加入 5-10 μL 反应液,轻柔吹吸混匀,置于冰上 30min。42℃热激 45~60s,冰浴 5 min。加入 500 μL SOC 或 LB 培养基,37℃振荡培养 40-60 min(200 rpm)。将菌液均匀涂布在含相应抗生素的平板上,倒置于37℃培养箱培养过夜。
注 1:不同感受态细胞最后的克隆阳性率会有所差别,推荐使用转化效率>10 8 cfu/μg 的感受 态细胞;
注 2:PCR 产物与线性化载体的数量和纯度决定了菌落数;
注 3:阳性对照平板通常生长大量白色单菌落,阴性对照平板只生长很少的菌落。
六. 阳性克隆检测
菌落 PCR 鉴定:挑取单菌落置于 10 μL ddH2O 中混匀,95℃裂解 10 min,取1 μL作模板,进行菌落 PCR 鉴定。
酶切鉴定:将单菌落接种到抗性培养基中培养过夜,提取质粒进行酶切鉴定。
注 1:建议菌落 PCR 时,至少使用一条通用引物,可有效避免假阳性结果;
注 2: 必要时可进一步对阳性结果进行测序鉴定